La storia geologica di Valnegra risale all’Era Cambriana, all’inizio dell’ Era Mesozoica, formatasi in milioni di anni, attraverso un percorso caratterizzato dai Vulcani, dal lago del Collio , dal mare, fino alla nascita delle Alpi.

All'epoca glaciale Neozoica, si ritiene che il ghiacciaio dei Laghi Gemelli si arrestasse a Lenna, unendosi a quello che scendeva da Mezzoldo, all'imbocco dell'Alta Valle Brembana. Durante lo sviluppo seminava massi erratici e ciottoli levigati: ne furono trovati in località Roncale Alto ed in contrada Sasso a Valnegra; la neve sciogliendosi formò quelle impetuose masse del Brembo, che scendendo a Valle, scavarono poi nei secoli, aiutate da movimenti tellurici, l'attuale alveolo del fiume per sfociare nella pianura. Il territorio di Valnegra, geologicamente appartiene al Servino o trias superiore, formato da materiali calcarei e argillosi, molto adatto per la vegetazione di fitti boschi e verdi praterie, invece sulla strada da Valnegra a Piazza si vede il quaternario fluvio-glaciale. Gli agenti esogeni modellarono il territorio formando numerose vallecole e morene laterali con rocce arrotondate di colore rossastro di origine lacustre del torrente omonimo e appartenenti al Verrucano Lombardo e depositi alluvionali. Le abetaie del Monte Toracchio, il ceduo del Culmine, sulle cui falde si è insediato l’uomo, l'agglomerato di case, ed il verde dei prati che scendono giù per la collina di San Carlo danno un aspetto ameno e ridente al paese. Pare che il nome Valnegra, in dialetto Alnigra, derivi dal torrente che scendeva nascosto da una fitta boscaglia (Valle ove scorre il torrente Negra)
Non sono ancora certe le origini dei primi insediamenti, si pensa comunque che i primi e lontanissimi abitatori fossero Liguri o Orobi di origine Celtica.

Il comune di Valnegra è documentato sin dal 1172 e nel corso dei secoli XIV - XVI pare abbia conosciuto importanti modificazioni territoriali: se nel 1310 é citato assieme a Bordogna, nel 1331 faceva capo autonomamente alla "facta" di Porta Sant'Alessandro. Nel corso del Quattrocento Valnegra pare assorbisse i comuni limitrofi e che il suo territorio fosse ben più ampio.

La comunità di Valnegra, come tutte le altre della valle, e' posteriore a quella della Parrocchia. Si ignora l'epoca precisa dell’erezione della chiesa primitiva. L'attuale Parrocchia, prima che fosse costituita autonoma, dipendeva da quella di S. Martino. Lo smembramento avvenne nel 1494. Tra i diversi motivi della separazione, addotti dagli abitanti di Valnegra, risulta evidente il pericolo a cui si trovavano di frequente esposti, durante le intemperie, nell’ attraversamento dei torrenti Sanetto e Cornella sulla via per San. Martino. Eretta la Parrocchia, si sentì anche il bisogno dell'autonomia territoriale comunale. Restano nella consuetudine le tradizionali beghe e lotte per la determinazione dei confini. Era naturale che Valnegra ritenesse validi i confini parrocchiali, molto più vasti degli attuali. Nel XV secolo i confini del Comune di Valnegra comprendevano i territori di Moio Lenna Bordogna. Dopo una serie di smembramenti Valnegra iniziò a perdere, in modo graduale molti territori che le erano stati aggregati, fino al 25 Giugno 1590 quando vennero stabiliti con atto notarile.

Dal 1452 la Valle Brembana Oltre la Goggia, e quindi anche Valnegra erano soggette al ducato di Milano, sotto l'ambizioso principe Francesco Sforza. In età veneta fece parte della quadra chiamata Valle Brembana Oltre la Goggia e per sei mesi all’anno (almeno fino all’ottobre del 1739) ne costituiva il capoluogo e vi risiedeva il vicario di Valle.
Venezia, desiderosa di allacciare buoni rapporti commerciali con gli stati vicini e di sollevare dalla miseria le popolazioni di Oltre la Goggia decise, alla fine del Cinquecento, di costruire la strada carrozzabile che la collegasse con la Svizzera.
Dopo anni di trattative, di sopralluoghi, petizioni e antagonismi, il 23 maggio 1593, Alvise Friuli fece tagliare una strada che, terminata nel 1598, divenne importantissima per il commercio, ma Per Valnegra, cessò il transito, perché la nuova strada passò direttamente da Lenna a Piazza e di conseguenza il paese andò impoverendosi,
Dopo essere stata sottomessa ai Francesi e poi agli Austriaci, la popolazione di Valnegra partecipò alle lotte per l’Unità d’Italia. Diede poi un forte contributo in uomini nelle due guerre mondiali. Dal 1927 al 1956 fu frazione di San Martino de Calvi.

Ma parlando di Valnegra, non si può dimenticare l'azione culturale che svolse centocinquanta anni fa il suo centro scolastico (soprannominato la "Sorbona d’ i Gogis") che ebbe origine dall’ "Opera Pia F. Gervasoni". Fondata nel 1866 con lo scopo di facilitare ai figli della Valle l'istruzione elementare, che allora mancava nel mandamento, aumentò i suoi servizi: ginnasio per i seminaristi, scuole tecniche, commerciali e medie. Accanto alla Scuola sorse il Collegio San Carlo che ospitò alunni dai paesi vicini, fino alle province lombarde. Il collegio ormai ha lasciato il posto ad un edificio residenziale, ma la Scuola continua la sua opera come Istituto Comprensivo dell’Alta Valle.

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